Il reparto di Ortopedia e Traumatologia dell'ospedale Santo Stefano si occupa di patologie traumatiche e non degli arti superiori e inferiori. È parte della rete formativa della Scuola di Specializzazione di Ortopedia e Traumatologia dell’Università degli Studi di Firenze. Afferiscono alla Struttura Operativa Complessa di Ortopedia e Traumatologia, la Struttura Operativa Semplice di Chirurgia della Mano specializzata nel trattamento delle patologie traumatiche e non dell’arto superiore, quella di Traumatologia che gestisce e tratta tutte le patologie traumatiche provenienti dal Pronto Soccorso ed i pazienti che giungono dagli altri ospedali della Rete Trauma dell’Azienda USL Toscana Centro ed infine la Struttura semplice di Ortopedia pediatrica che svolge sia attività ambulatoriali che chirurgiche.
